下位流派
1.常夜

• 条件:≪死霊術≫の特技を修得している。性別が女性。
• 流儀:死者たちの眠りを護る。
• 仇敵:世界忍者連合

…比良坂流古神道の奥義を極めた巫女の集団。死者たちの声を聞き、凶事や災厄を予言する。国政にも強い影響力を持つ、恐るべき死霊使いたち。
2.醜女衆

• 条件:性別が女性。
• 流儀:男性に負けない。
• 仇敵:隠忍の血統、鞍馬神流

…女性のみで構成された戦闘部隊。比良坂機関でも例外的に直接戦闘を得意とする。構成員はみな顔を隠しており、素顔を見られた相手を抹殺することで有名。
3.公安隠密局

• 条件:【沈黙】の忍法を修得している。
• 流儀:日本の国益を守る。
• 仇敵:ハグレモノ、私立御斎学園

…日本政府内部にある比良坂の出先機関のひとつ。安全保障の目的で国内外の情報を収集・分析している。主要な忍者がらみの事件は、彼らが調査、隠蔽を行う。
4.麝香会総合病院

• 条件:≪毒術≫か≪九ノ一の術≫の特技を修得している。
• 流儀:愛と死を等しく与える。
• 仇敵:特になし

…毒遣いと、全身に猛毒を宿すクノイチたちからなる流派。表向きは政財界御用達の病院だが、その実態はVIP専用の娼館にして麻薬窟。