- 得意分野:戦術
- 仇敵:ハグレモノ
- 流儀:誰かの秘密を探す
…表向きは小中高一貫の進学校。実際には、異能の力を持つ者、それを制御する力を持たない少年少女に、忍者教育を施す忍者養成機関である。国内外の財閥や研究機関、諜報機関から支援を受け、海外から留学している者も多い。
下位流派
1.
特命臨時教職員派遣委員会
- 条件:≪伝達術≫の特技を修得している。
- 流儀:誰かを正しい方向に導く。
- 仇敵:ハグレモノ
…御斎学園のOBで構成された忍法教師たちの組織。別名は「特教委」。忍者がらみの問題が起きた学校に派遣され、秘密裏に事件を解決する。
2.
御斎学園生徒会
- 条件:特になし
- 流儀:御斎学園生徒の見本となる行動をとる。
- 仇敵:特になし
…御斎学園最強の生徒を決めるため密かに行われる六道祭。その優勝者を筆頭に、上位入賞者たちで構成された生徒たちの自治組織。学園の治安維持に努めている。
3.
私立多羅尾女学園
- 条件:≪九ノ一の術≫の特技を修得している。
- 流儀:男性を手玉にとる。
- 仇敵:比良坂機関
…近畿地方の山間部にある、私立御斎学園の姉妹港。クノイチを専門に養成している。生徒数は御斎学園の十分の一にも満たないが、生徒は全員クノイチである。
4.
旧校舎管理委員会
- 条件:≪結界術≫か≪封術≫の特技を修得している。
- 流儀:旧校舎を守る。
- 仇敵:比良坂機関、隠忍の血統
…御斎学園の旧校舎を保全する生徒委員会。旧校舎は「とある存在」を封印するため迷宮と化しており、その迷宮の攻略に挑む忍者生徒のサポートなどを行っている。
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